W oknie dialogowym preferencji aplikacji można dostosować wygląd i zachowanie programu QCAD oraz jego narzędzi i widoków graficznych.  
QCAD przechowuje również niektóre z tych ustawień wewnątrz rysunków. Ustawienia te można zmienić w preferencjach aplikacji jako ustawienia domyślne dla nowych rysunków. Innymi słowy, nie wpływają one na istniejące rysunki, a jedynie na rysunki utworzone po zmianie preferencji.